Intérprete da música portuguesa de intervenção, Francisco Fanhais entrou para o seminário com dez anos e foi ordenado padre aos 23.
Através da música tornou-se uma das mais ativas vozes dos chamados católicos progressistas que, desde a célebre carta de D. António Ferreira Gomes, bispo do Porto, a Salazar, em 1958, combateram a ditadura de Salazar. Em 1969 lança Cantilenas, o seu disco de estreia e aparece na capa do primeiro numero da revista Mundo da Canção.
Impedido de cantar, de exercer o sacerdócio e de leccionar nas escolas oficiais, emigra para França em 1971. Entretanto torna-se militante da LUAR, força revolucionária liderada por Emídio Guerreiro. Regressa a Portugal após o 25 de Abril de 1974 e colabora nas campanhas de dinamização cultural do Movimento das Forças Armadas. Em 1975 é um dos participantes no disco República de José Afonso, gravado ao vivo em Itália.
Em 1993 junta-se a Manuel Freire e Pedro Barroso para apresentarem o espectáculo Encontro. A 9 de Junho de 1995 foi feito Oficial da Ordem da Liberdade, por ocasião das comemorações do Dia de Portugal. A editora Strauss reeditou, em 1998, o disco Canções da Cidade Nova com o novo título de Dedicatória. A servir de capa foi colocado o manuscrito da dedicatória de José Afonso que aparecia na contracapa da edição original.